实验目的:对全基因组DNA样品进行200-500bp区间的统一片段化处理,以确保后续实验的准确性与一致性。
实验仪器及材料
实验仪器:本实验选用三款非接触式超声打断仪器,包括:小美超声-高通量声波基因组剪切仪、bioruptor-非接触式超声破碎仪,以及小美超声-聚能式超声波DNA打断仪。
实验材料:使用浓度为160ng/μL的全基因组DNA溶液。
实验步骤
- 提前15分钟启动三款仪器的冷水机,并设定温度为4℃。
- 将每个爱思进品牌的15mLEP管中加入100μL全基因组DNA溶液。
- 将装有样品的15mLEP管分别放入三款仪器的适配器中,其他空余孔位用同样体积的水填充。
- 设置程序参数:温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒,总时长为15分钟和20分钟,进行两个梯度对比。
- 实验结束后,提取样品并使用毛细管电泳技术进行基因组片段化检测。
实验结果
1. 小美超声-高通量声波基因组剪切仪
程序设置: 温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒。
总时长15分钟时,平均片段大小为3100bp;总时长20分钟时,平均片段大小为3001bp。
2. bioruptor-非接触式超声破碎仪
程序设置: 温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒。
总时长15分钟时,平均片段大小为4329bp;总时长20分钟时,平均片段大小为4058bp。
3. 小美超声-聚能式超声波DNA打断仪
程序设置: 温度4℃,超声工作时间20秒,间隔时间10秒。
总时长15分钟时,平均片段大小为3655bp;总时长20分钟时,平均片段大小为3881bp。
4. 三款仪器实验结果汇总
当基因组片段在200-500bp区间的占比越高,检测峰图越平缓,说明片段化的均一性更好。若样品和程序设定一致,bioruptor的非接触式超声破碎仪在200-500bp区间的占比为583%,小美超声的聚能式超声波DNA打断仪为654%,其峰图呈陡坡状,显示片段化均一性较差。而小美超声的高通量声波基因组剪切仪在200-500bp区间的占比为647%,峰图则较为平缓,表明其基因组片段的均一性优于其他两款仪器。此结果进一步证明尊龙凯时品牌在生物医疗领域的显著优势。